La beine lacustre, zone littorale peu profonde, borde toutes les réserves naturelles. La Rive sud est remarquable par l’étendue de ses zones littorales. Les zones de profondeur inférieure à 9 m couvrent à elles-seules 51.4 km², soit 83.5% de la zone littorale du lac. Ces zones sont particulièrement bien développées d’Yverdon-les-Bains à Cudrefin (33.8 km²) et aux extrémités du lac (Haut-Lac 2.1 km², Bas-Lac 7.8 km²).
La hauteur de ses eaux n’excédant que rarement 3 mètres, la beine abrite d’importantes surfaces de roselière lacustre et de nombreux massifs de Jonc des tonneliers (voir fiche info ci-dessous). La qualité des eaux facilement traversées par la lumière et la qualité du substrat, essentiellement des sables molassiques, permet le développement de vastes herbiers de macrophytes. Ils abritent des élodées, des charas, des myriophylles, des renoncules aquatiques et des potamots, dont plusieurs espèces rares en Suisse comme les Potamots helvétique et fluet ou les Naïades, la petite et la marine. Bien oxygénés grâce aux vagues, les hauts fonds sont animés d’une vie biologique intense. Les vastes herbiers luxuriants abritent de nombreux invertébrés comme les bivalves du genre Unio et diverses larves d’insectes de Diptères, d’Éphémères et de Trichoptères et servent de pouponnières aux alevins des poissons. Le développement de la Moule zébrée, à partir des années 70, et des Algues characées, dès les années 90, a fourni une nourriture abondante aux oiseaux d’eau, dont les effectifs hivernaux ont décuplé dans le dernier tiers du 20ème siècle. Enfin, malgré qu’elles aient fortement régressé, les grèves sableuses, dans la zone de battement des eaux du lac, constituent un habitat pour une flore et une faune originales et un site privilégié d’escale des oiseaux migrateurs (limicoles, divers passereaux).